Persiyapan enzimasale saka organisme lan umume luwih aman lan bisa digunakake kanthi jumlah sing sesuai karo kebutuhan produksi. Ana telung klompok mikroorganisme utama sing ngasilakeancang-ancang enzim: jamur, ragi, lan bakteri filamen, utamane nggunakake bakteri udhara sing apik. Galur lan panggunaan sawetara enzim industri utama yaiku:
(1) Amilase
Amilase hidrolisis pati kanggo ngasilake malto-oligosakarida lan maltosa. Iki biasane diasilake kanthi fermentasi submilasi Bacillus subtilis lan Bacillus licheniformis saka genus Bacillus, lan sing terakhir ngasilake enzim termostable. Kajaba iku, uga diprodhuksi dening submerged lan semi-solid fermentasi karo galur Aspergillus lan Rhizopus, sing cocog kanggo ngolah panganan. Amilase umume digunakake kanggo nggawe gula, desizing tekstil, proses bahan baku fermentasi lan pamrosesan panganan. Glucoamylase bisa hidrolisis pati dadi glukosa, sing saiki meh kabeh diprodhuksi dening Aspergillus niger fermentasi klelep kanggo produksi gula, produksi alkohol, pamrosesan bahan baku fermentasi, lsp.
(2) Protease
Galur lan jinis produksi sing paling akeh digunakake. Gunakake Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus lan Bacillus subtilis kanggo ngasilake protease bakteri kanthi fermentasi sing direndhem; gunakake Streptomyces lan Aspergillus fermentasi klelep kanggo ngasilake protease netral lan protease asam Aspergillus kanggo depilasi kulit, pelunakan wulu, apotek lan industri panganan; Sawetara bakteri genus Mucor ngalami fermentasi semi-padhet kanggo ngasilake rennet, sing ngganti rennet sing asline diekstrak saka pedhet weteng ing Pabrik keju.
(3) Isomerase glukosa
Macem-macem sing berkembang kanthi cepet ing taun 1970-an. Pisanan, fermentasi klelep digunakake kanggo njupuk sel Streptomyces. Sawise immobilisasi, larutan glukosa diowahi dadi sirup sing ngemot udakara 50% fruktosa. Sirup iki bisa digunakake ing industri panganan tinimbang sukrosa. Nggunakake amilase, glukamamilase lan glukosa isomerase kanggo ngasilake sirup fruktosa saka pati jagung wis dadi salah sawijining industri gula sing lagi berkembang.